При установке FreeBSD есть возможность выполнить разметку диска через shell. Таким образом, можно разметить разделы с выравниванием границ по 4K (при создании раздела freebsd-boot начало раздела -b40: 40*512/4096=5, при создании раздела freebsd-swap резервируем еще почти полкилобайта)
bsd# gpart create -s GPT ada0
bsd# gpart add -t freebsd-boot -b40 -s512K ada0
bsd# gpart add -t freebsd-swap -b2048 -s1024K ada0
bsd# gpart add -t freebsd-ufs ada0
bsd# newfs /dev/ada0p3
bsd# gpart bootcode -b /boot/pmbr ada0
bsd# gpart bootcode -p /boot/gptboot -i1 ada0
Для продолжения установки необходимо создать /etc/fstab
bsd# mount /dev/ada0p3 /mnt
bsd# mkdir /mnt/etc
bsd# echo '/dev/ada0p2 none swap sw 0 0' | tee /mnt/etc/fstab
bsd# echo '/dev/ada0p3 / ufs rw 1 1' | tee -a /mnt/etc/fstab
После перезагрузки его придется пересоздать уже в корневой папке. Причем, при загрузке, из-за отсутствия /etc/fstab возникнет ошибка монтирования корня файловой системы (точка монтирования определяется в /etc/fstab или в /boot/loader.conf)
mountroot>ufs:/dev/ada0p3
bsd# grep -i mountfrom /boot/defaults/loader.conf
bsd# echo '/dev/ada0p2 none swap sw 0 0' | tee /etc/fstab
bsd# echo '/dev/ada0p3 / ufs rw 1 1' | tee -a /etc/fstab